Le Comité des droits de l’enfant des Nations Unies a recommandé, à l’occasion de l’analyse du premier rapport périodique de la Belgique concernant la Convention Internationale relative aux Droits de l’Enfant, la création d’un mécanisme permanent chargé de « la coordination, de l’évaluation et de la surveillance de la politique en matière de protection de l’enfant, afin de s’assurer que la Convention est parfaitement respectée et appliquée à l’échelon tant fédéral que local ».
En réponse à cette recommandation, un accord de coopération a été conclu le 19 septembre 2005 entre l’Etat, la Communauté flamande, la Région flamande, la Communauté française, la Communauté germanophone, la Région wallonne, la Région de Bruxelles-Capitale, la Commission communautaire commune et la Commission communautaire française. Cet accord est entré en vigueur le 10 novembre 2006, après la publication au Moniteur belge des huit actes portant approbation :
- Loi fédérale
- Décret Communauté française
- Décret Communauté flamande
- Décret Communauté germanophone
- Décret Région wallonne
- Ordonnance Région de Bruxelles-Capitale
- Décret Commission Communautaire Française
- Ordonnance Commission Communautaire Commune
Le statut du Président de la Commission est déterminé par Arrêté Royal.
La désignation des Président et Vice-Présidents se fait également par Arrêté Royal.

